细菌的16S rDNA基因在微生物种属分类鉴定上具有重要的参考价值，被公认是一把好的谱系分析“分子尺”。

在1965年，人们发现细菌的核糖体RNA具有保守性和可变性；1985年开始有人通过核糖体序列计算来分析物种进化关系；在2000年，伯杰氏系统细菌学手册正式引入基因序列（包括16s rDNA基因序列等Marker基因）作为细菌分类标准。

16S rDNA基因是所有的细菌都具有的基因序列，长度适中(在1500~1600bp)，进化上具有良好的时钟性质，结构与功能上具有高度的保守性，能很好体现不同菌属之间的差异，又能轻松利用测序技术得到其序列，故被细菌学家和分类学家普遍认可，素有“细菌化石”之称。16S rDNA基因序列由9个可变区和10个保守区（下图）构成。

一般情况下，在细菌的分类学中，普遍的共识是序列相似度在97%以上的，可以认为目标菌种与数据库序列所属的菌种为同一个属；序列相似度在99%以上的，可以认为目标菌种与数据库序列所属的菌种为同一个种。

药品中微生物污染程度是生产过程及最终产品重要的质量指标，也是影响药品安全生产的潜在隐患。

虽然药品生产都是在高洁净度环境中进行的，但仍不可避免地需要人员的维护和原材料的输入。操作人员携带的尘埃和微生物是洁净环境最大的污染源。有研究统计，每人每天脱落的皮屑达1000万颗，活动时发出的尘埃数为500～1000万个·(人·min)。即使药品生产过程符合工艺规定，其终产品仍然存在被微生物污染的可能。

虽然各国药典都收录了药品无菌检验和微生物限度检验的方法，中国药典1995年版也正式收载了药品微生物限度检查法。不过，药典方法中微生物相关指标的检查方法只能对药品终产品质量进行评价，缺少了对生产环境的监督和控制，更不能评估污染类型和污染来源。

按我国GMP要求，药品生产企业对生产环节的微生物污染需定期监控。传统方法主要是对加工条件和过程经验性的评判，能采用的指标仅为表面细菌总数、空气浮游菌和沉降菌计数；对较为复杂的环境微生物的鉴定准确度较低，且缺乏对微生物污染进行监控和调查的手段以及量化的评价指标。

目前，16S rDNA基因序列分析技术已经成为微生物分类的主要依据之一，对环境微生物、不常见的生化型及难培养微生物等具有很好的鉴定能力。2000年，细菌分类学领域极具有代表性和权威性的《伯杰氏系统细菌学手册》引入了16S rDNA序列作为细菌鉴定分类的依据。随后各国药典纷纷跟进，到了2020年，我国药典也增加了通则1021《细菌DNA特征序列鉴定法》。有统计表明，通过16S rDNA基因序列分析技术，可以将约98.88%的常见制药企业环境细菌鉴定到种/属水平。

通过对微生物污染来源进行详细的分析，绘制工厂微生物分布图，了解工厂生产过程中的污染区和引起污染的关键工艺步骤，能有效地引导企业制定切实可行的质量保障体系。总之，采用微生物鉴定和分型技术对药品生产进行过程监控，建立和健全日常监督检查方法，对建立药厂风险评估监督模式具有重要意义。

参考文献：范一灵,房蕊,蒋波,等. 微生物鉴定分型技术应用于医药企业微生物污染调查[J]. 中国医药工业杂志,2010,41(11):810-817,822. DOI:10.3969/j.issn. 1001-8255.2010.11.006.

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